I polacchi hanno preso l'iniziativa per insediare i tedeschi in quello che sarebbe diventato il territorio conosciuto come Prussia orientale. Questo territorio apparteneva a undici distretti della Prussia occidentale, (Pogesania, Natangen, Nadrauen, Samland, Sudauen, Galinden, Warmia, Sassen, Schalauen e Barten), ed hanno mantenuto i loro nomi originali per descriverele aree geografiche interessate.
All'inizio del 13° secolo i Cavalieri Teutonici, su richiesta di aiuto del principe polacco Corrado I di Masovia, intervennero contro le tribù prussiane non ancora cristianizzate. In cambio del loro intervento ricevettero in donazione la Terra di Chelmno ed i territori che avrebbero in seguito conquistato in Prussia. Con la Bolla d'oro di Rimini (del marzo 1126) Federico II di Svevia (imperatore del Sacro Romano Impero dal 1220 al 1250) riconobbe all'Ordine Teutonico la sovranità sulle terre conquistate ai Prussiani.
L'Ordine Teutonico si servì di questi documenti come fonte di legittimazione per la conquista delle terre baltiche, che prese (tra il 1231 e il 1238) la forma di una vera crociata, pur essendo nata dall'interesse dell'Ordine Teutonico a costruire in questi territori un proprio dominio di tipo territoriale.
Per difendere il territorio vennero costruiti diversi castelli, tra cui quello di Marienburg, che divenne la sede dell'Ordine Teutonico dal 1309 al 1457. Questi castelli furono i punti di partenza per la colonizzazione tedesca, in quanto i cavalieri dell'Ordine Teutonico avevano avuto un vivo interesse verso gli insediamenti di agricoltori, artigiani e commercianti tedeschi.
Nel 13° e 14° secolo, i coloni provenivano soprattutto dalla Germania meridionale, dalle zone di influenza della Lega Anseatica, dalla Germania centrale e da altre zone di precedenti insediamenti come la Slesia.
Nel 1410, con la battaglia di Tannenberg-Grunwald, si chiude l'epopea eroica dell'Ordine dei Cavalieri Teutonici. Riescono sì a mantenere la fortezza di Malbork, ma ormai la loro debolezza è tale che non possono più costituire un pericolo per i vicini; oltretutto il 1 Febbraio 1411 venne firmato un trattato in cui l'Ordine si impegnava a restituire il territorio di Zemaitija e parte della Pomerania.
Nel secolo successivo nei territori dell'Ordine cominciò a acquistare potere il Brandeburgo e la casata degli Hohenzollern, anticipo di quello che poi sarebbe diventato lo stato prussiano.
Un focolaio di peste nel 1709/10 ha in gran parte spopolato la Prussia orientale ed ha portato a nuove misure, tra cui la più famosa è stata l'accettazione di 15.000 "esuli" protestanti dal Principato-Diocesi di Salisburgo, che altrimenti li obbligava alla ricattolicizzazione.
Nel 1772, vi è stata la prima partizione polacca della maggior parte del "Regno di Prussia".
Sia la Prussia orientale che quella occidentale, compresa la capitale Danzica, sono passate alla Polonia, formando dal 1824 al 1878 la provincia
unita di Prussia. Il trattato di Versailles ha trasferito la parte orientale della Prussia occidentale alla Polonia diventando un distretto
governativo polacco (capitale: Marienwerder) nel 1919.
Nel 1920 la Polonia ha fatto un plebiscito nel sud della Prussia orientale per decidere a quale Stato dovesse appartenere in futuro il territorio di Masovia (già territorio prussiano). Il risultato del plebiscito fu chiaro: la quasi totalità della popolazione ha votato per rimanere con la Germania. La Polonia, che aveva presentato se stessa come liberatrice dall’oppressore prussiano, è stata umiliata agli occhi di tutto il mondo.
L'altra estremità della Prussia orientale non ha voluto essere "liberata" dalla Polonia ma, malgrado la popolazione fosse in maggioranza tedesca, il Memelland venne separato dalla Germania nel 1919 e, sottoposto ad un regime di alleati, è stato occupato e annesso alla Lituania nel gennaio 1923. Nel marzo del 1939, il Memelland fu restituito alla Germania in conformità al diritto internazionale.
Nel mese di ottobre 1944, il distretto orientale Gumbinnen è stato il primo territorio del vecchio Reich ad essere teatro di combattimenti tra la Wehrmacht e l’esercito sovietico, causando massacri tra la popolazione civile. Königsberg (Kaliningrad) capitolò il 9 aprile 1945.
Anche se più di un migliaio di navi furono in grado di salvare circa 2,4 milioni di persone, un gran numero di civili hanno sperimentato il terrore dell’occupazione sovietica e l'inizio del regime polacco. Vi erano ancora circa 2,5 milioni di tedeschi, e 220.000 di essi morirono come soldati in guerra, mentre 240.000 civili morirono per morte violenta.
Dopo la guerra la Prussia orientale è stata divisa in tre parti: il Memelland è passato alla Repubblica Sovietica
di Lituania, e il resto della parte settentrionale divenne parte della Repubblica Sovietica di Russia, mentre il sud venne assegnato alla
Polonia. Nei decenni successivi, la maggioranza è emigrata nella Repubblica Federale di Germania.