Con l'avvento al potere di Hitler, la politica tedesca si concentrò in primo luogo verso i territori lungo il confine orientale, tra cui il Memellland.
Dopo che i nazisti salirono al potere nel 1933, attivisti Memelländer che vivevano in Germania vennero perseguitati. Nel 1938, i nomi lituani delle località nella Prussia orientale vennero tradotti in tedesco. Così, ad esempio Lazdynėliai divenne Haselberg, Juodlaukiai divenne Schwalbental, e così via.
Tuttavia i toponimi della regione di Klaipėda non vennero modificati; il giornale Naujaſis Tilźes Keleiwis, in lingua lituana, non venne chiuso fino al 1940; le cerimonie religiose delle chiese di Tilsit e di Ragnit si continuarono a tenere in lingua lituana fino a quando non avvenne l’evacuazione della Prussia Orientale nel 1944.
Intanto nel Memelland era stato fondato il partito nazista locale ed il 22 marzo 1939, a seguito di un trattato tra il ministro degli esteri lituano Urbšys e quello tedesco von Ribbentrop, la Lituania fu costretta a restituire il Memelland alla Germania nazista. Era l’ultima acquisizione “pacifica” di Hitler.
I funzionari delle istituzioni politiche lituane ed i membri delle organizzazioni della Lituania Minore frettolosamente lasciarono il paese. Coloro che non vollero lasciare la Regione furono prelevati dalla Gestapo e subirono pestaggi e interrogatori. Dopo l’intervento del Governo alcuni furono liberati e si ritirarono nella Lituania Maggiore, mentre altri vivevano con limitati diritti civili e sotto la sorveglianza della polizia. I sostenitori più attivi per il controllo lituano del paese vennero deportati nei campi della morte.
L’entusiasmo della popolazione del Memelland per la potenza e per le vittorie della Germania nazista non continuarono a lungo. Tutto era controllato dal partito nazista. Vennero introdotti i buoni per i prodotti alimentari e per le materie prime e diecimila uomini furono arruolati nella Vermacht.
Il 23 agosto 1939 venne firmato il patto Patto Molotov-Ribbentrop; il patto non prevedeva nessun programma di reinsediamento (come era stato previsto per l’Estonia e la Lettonia), per l’intera Lituania, perché era stato disposto che sarebbe rimasta nel campo di interesse tedesco.
Nel 1940, a pochi mesi dalla firma del Patto Molotov-Ribbentrop, la Germania cedette la Lituania all’Unione Sovietica, in cambio di una maggior porzione del territorio della Polonia, in precedenza assegnato all'Unione Sovietica. Il 15 giugno 1940 l'Unione Sovietica occupò il paese ed il 3 agosto fondò la Repubblica Socialista Sovietica Lituana.
I sovietici furono favorevoli ad un trasferimento dei tedeschi di Lituania, perché si sarebbero liberati di una popolazione che poteva fungere da pretesto per una aggressione hitleriana. Riaprirono quindi i negoziati con il Reich per il trasferimento dei tedeschi "etnici".
Dopo aver sopportato per nove mesi il dominio sovietico, nel febbraio 1941 circa 66.000 tedeschi "etnici" attraversarono il confine. Tale cifra era di molto superiore rispetto a quella della popolazione tedesca registrata in Lituania: molti lituani antisovietici colsero questa opportunità per sfuggire allo spietato regime di occupazione staliniano.
Il numero effettivo dei tedeschi della Lituania era di circa 50.000, da gennaio a marzo 1941 circa il 60% vennero reinsediati a nella Prussia orientale ed in quella occidentale, oltre che nel Warthegau, il resto vennero collocati all'interno delle frontiere del vecchio Reich. Intanto in Lituania si verificava una massiccia colonizzazione russa che costituì il nucleo dominante delle strutture politiche ed economiche lituane.
Il 22 giugno 1941 la Germania, rompendo il patto di non aggressione del 1939, scatenava la gigantesca Operazione Barbarossa; in pochi mesi oltre 3 milioni di soldati della Wehrmacht attaccarono l'Unione Sovietica, entrando per decine di chilometri nelle retrovie delle truppe sovietiche e conquistando molte zone strategiche tra cui il Memelland che venne reincorpotato nella Germania.
La riunificazione del Memelland con la Germania venne invece accolta con gioia dalla maggioranza dei Memelländer che furono autorizzati a scegliere la cittadinanza lituana, ma furono solo 500 persone a chiederla.
I tedeschi avevano oramai conquistato completamente gli Stati Baltici, accolti favorevolmente dalla popolazione, e vi rimasero fino al giugno 1944.
Il 22 giugno 1944 (a tre anni esatti dall'inizio dell'Operazione Barbarossa) Stalin dava il via all'Operazione Bagration che avrebbe provocato la completa disfatta delle forze tedesche.
Con l’avvicinarsi del fronte, nel Memelland venne organizzata una testa di ponte ed una serie di bunker (“Brueckenkopf Festung Memel”). All’inizio di ottobre 1944 iniziò l’evacuazione tardiva della Prussia orientale e questo fu l’inizio della tragedia del Memelland. Dai 100.000 ai 120.000 Memelländer, su un totale 150.000, furono costretti a lasciare la loro terra natale.
L’operazione di evacuazione (“Unternehmen Krebs”) delle unità militari tedesche dal Memelland venne completata durante la notte tra il 27 ed il 28 gennaio 1945, mentre i civili erano già stati evacuati nell’autunno del 1944. Gli ultimi a lasciare la città furono i militari della Vermacht esperti di esplosivi che distrussero gli armamenti pesanti rimanenti, i magazzini, le caserme ed altri edifici. Alle quattro del mattino del 28 gennaio 1945 l’ultimo soldato tedesco lasciò il Memelland.
Dopo alcune ore i primi soldati sovietici della 16° divisione lituana entrarono nella città di Memel. La città era totalmente in fiamme ed erano rimaste solo alcune decine di abitanti locali. La distruzione di Memel fu drastica. con bombardamenti, sparatorie ed esplosioni di artiglieria che distrussero circa il 50% della città.
Circa 3.000 tedeschi della Lituania morirono in guerra come soldati della Vermacht, circa un quarto non sopravvisse alla guerra o all'espulsione. La maggior parte dei sopravvissuti rientrarono nella Germania occidentale.
Con l'arrivo dell'Armata Rossa nel 1944 iniziò infine
l'esodo della popolazione tedesca. Alla fine della guerra il Memelland divenne
parte dell'Unione Sovietica e annesso, in base ai confini del 1938, alla
Repubblica Socialista Sovietica di Lituana, di cui ha seguito le sorti. La
popolazione tedesca, che nel 1939 ammontava a 118.000 persone, venne
completamente espulsa.
