Nel 1939, all’inizio della seconda guerra mondiale, la Prussia Orientale aveva 2,49 milioni di abitanti, l’85% dei quali di etnia tedesca, gli altri erano polacchi masuriani, o Lietuvininkai (prussiani di lingua lituana. La maggior parte dei tedeschi, dei masuriani e dei lietuvininkai erano luterani, mentre la popolazione della Warmia era principalmente cattolica a causa della storia del suo vescovato. La Congregazione ebraica della Prussia Orientale calò da circa 9.000 nel 1933 a 3.000 nel 1939. La maggior parte degli ebrei fuggì dal Nazismo, chi rimase fu poi deportato e ucciso nell’Olocausto.
Nel 1939 la regione polacca di “Rejencja ciechanowska” (tedesco: Regierungsbezirk Zichenau) fu annessa alla Germania e inserita nella Prussia orientale. Nonostante la propaganda nazista, che presenta tutte le regioni annesse avevano significative popolazioni tedesche, e che quindi andavano riunificate con la Germania, le statistiche del Reich di fine 1939 mostrano che solo 31.000 (su 994.092 persone) della “Rejencja ciechanowska” erano tedeschi etnici.
Durante la seconda guerra mondiale, nella Prussia Orientale era di stanza il “Heeresgruppe Nord” (Gruppo d'armate Nord), che partecipò all'invasione della Polonia. L'obiettivo del Heeresgruppe Nord consisteva nell’invadere gli Stati baltici e nel settembre 1941 assieme alle truppe finlandesi, questo gruppo partecipò all'assedio di Leningrado.
Nel luglio ed in autunno del 1941 alcuni raid dell'aviazione sovietica
colpirono la città medievale di Königsberg che, nei suoi 700 anni di esistenza,
non era mai stata gravemente danneggiata dalla guerra.
Il 20 luglio 1944 in un edificio all'interno del complesso del Führerhauptquartier "Wolfsschanze" (tana del lupo), nei pressi di Rastenburg, nella Prussia orientale, avvenne un attentato ad Hitler (la cosiddetta "Operazione Valchiria"). I congiurati non erano soddisfatti dei progressi della guerra e, dopo la morte di Hitler, speravano di concludere una pace separata con gli Alleati. Purtroppo l’attentato fallì, i congiurati subirono la vendetta di Hitler e la guerra continuava.
Nel 1944 Königsberg fu quasi completamente distrutta da due raid aerei alleati nella notte del 26-27 agosto 1944 e tre notti dopo, il 29-30 agosto. Furono uccisi molti civili molti, la città vecchia fu colpita dagli incendi, gli antichi monumenti ed il castello furono gravemente danneggiati. Winston Churchill aveva erroneamente creduto che Königsberg fosse “una moderna fortezza fortemente difesa” e ne ordinò la distruzione.
Il Gauleiter Erich Koch protrasse l’evacuazione della popolazione civile fino a quando il fronte orientale si avvicinò al confine della Prussia orientale nel 1944.
La popolazione era stata sistematicamente disinformata dall’Endsieg (vittoria finale) della propaganda nazista sul reale stato delle cose. Come conseguenza, molti i civili in fuga verso ovest sono stati preceduti dalla ritirata delle unità della Wehrmacht e dalla rapida avanzata dell’Armata Rossa.
I resoconti delle atrocità sovietiche sul massacro di Nemmersdorf dell’ottobre 1944 e sugli stupri organizzati diffusero paura e disperazione tra i civili. Migliaia persero la vita durante il naufragio della navi dei profughi Wilhelm Gustloff, Goya e SS General von Steuben, silurate dai sottomarini sovietici.
Nel mese di ottobre 1944, il distretto orientale di Gumbinnen fu il primo territorio del vecchio Reich ad essere teatro di combattimenti tra la Wehrmacht e l’esercito sovietico, causando massacri tra la popolazione civile.
Dal giugno-agosto del 1944 l'esercito tedesco aveva sopportato un serie di offensive dell'Armata Rossa in tutta l'Unione Sovietica occidentale. Tali offensive sovietiche comprendevano anche le operazioni in Bielorussia e negli Stati baltici. Come risultato, le forze dell'esercito sovietico arrivarono al confine della Prussia Orientale.
La Prussia Orientale fu solo leggermente colpita dalla guerra fino al gennaio 1945, quando fu devastata durante l’offensiva dell’Armata Rossa.
Il 19 gennaio 1945 l’Armata Rossa attaccò la Prussia Orientale, ma l'esercito tedesco a difesa della regione era forte, numerose aree fortificate coprivano una parte importante della Prussia Orientale. Il “Heeresgruppe Nord” (Gruppo d'armate Nord) tedesco, incaricato della difesa della Prussia Orientale, si dimostrò invincibile ed i massicci assalti dell'esercito sovietico risultarono inutili; i panzer tedeschi reagirono rapidamente e riuscirono a fermare i sovietico prima che raggiungessero la linea ferroviaria che portava da Insterberg a Königsberg. Tuttavia, l'avanzata dei blindati sovietici effettivamente scardinò le difese tedesche, che avevano resistito per molti giorni. Da quel momento tutto il fronte difensivo tedesco cominciò a vacillare.
1945 Dopo una svolta radicale della guerra e l'avanzata delle forze sovietiche nella Prussia Orientale, nel mese di marzo del 1945 furono catturati Hailigenbail (oggi Mamonovo) ed il castello di Balga.
L’attacco a Konigsberg iniziò il 6 aprile, l’Armata Rossa riuscì a rompere le fortificazioni della città e, il 9 aprile 1945, dopo una disperata battaglia durata quattro giorni, Königsberg si arrese.
Il numero dei civili uccisi è stimato in almeno 300.000 con la maggior parte che morì in condizioni orribili. Entro la fine della guerra a Königsberg erano rimasti solo 20.000 dei suoi 370.000 abitanti.
Tuttavia, la maggior parte degli abitanti tedeschi della Prussia Orientale,
che allora erano principalmente donne, bambini e vecchi, riuscì a scappare
dall’Armata Rossa. Una popolazione che era pari a 2,2 milioni nel 1940 si
ridusse a 193.000 persone alla fine di maggio 1945.